R安装glmGampoi 、igraph失败的解决方案 |
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install.packages("igraph") 用以上语句安装,结果报错 ERROR: compilation failed for package ‘igraph’ * removing ‘/home/****/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/igraph’ * restoring previous ‘/home/****/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/igraph’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmpo59lIr/downloaded_packages’ Warning messages: 1: In install.packages(...) : installation of package ‘glmGamPoi’ had non-zero exit status 2: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, : installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status 使用conda安装igraph(在vscode的终端里面安装,而不是在conda环境里面安装,要装在R内核里面,因为我们在用vscode jupyter或者rstudio的时候的R环境不是我们用的conda python环境) conda install conda-forge::r-igraph成功安装igraph 接下来就是安装glmGampoi 用语句 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("glmGamPoi")发现安装太慢 也还是采用conda安装 conda install bioconda::bioconductor-glmgampoi结果不行library失败 这个时候产生了问题就是明明发现conda已经安装好了,但是为什么导入错误 查阅可得是路径不对 下面用hdf5array包为例子移动路径 然后就将conda安装的路径 /home/taohy/software/miniconda3/pkgs下的 这个包打开找到HDF5Array文件夹 lib/R/library/HDF5Array 移动到我们的R内核路径之下 /home/taohy/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2 结果成功 如果还出现版本问题,但是又没有办法更改为更高版本的R,就在conda官网下载以往版本的包然后手动添加进我们的路径当中 如果还缺依赖包就手动下载conda官网上的包解压后找到用包名命名的文件夹移动到路径当中 总结: 在相关的R包安装不上的时候,有以下做法 (有时需要套娃,找到源头安装错误的包) 1、搜索“包名称 conda‘找到conda官网上对应报的安装命令(要注意路径问题) 例如 有时候需要手动移动路径 2、下载以往版本的包 点击files就选择之前的包 3、修改R运行的路径 Sys.setenv(R_HOME = "/home/taohy/software/miniconda3/lib/R") |
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